Spodní voda je dobrým zásobníkem slunečního tepla. I po dobu nejchladnějších zimních dnů si udržuje stálou teplotu +8°C až +12°C. V tom spočívá její výhoda. Na základě stálé teplotní úrovně tohoto zdroje tepla je po celý rok topný faktor tepelného čerpadla příznivý. Bohužel spodní voda není všude k dispozici jak v dostatečném množství, tak v potřebné kvalitě. Ale kde je možné ji použít, tam se to vyplatí. Použití spodní vody musí být povoleno příslušným úřadem (všeobecně vodohospodářským úřadem). Pro tento způsob získávání tepla je třeba zřídit jednu studnu pro čerpání vody a druhou pro jímání vody, jak ukazuje obrázek. O možnostech využívání vody pro tyto účely poskytnou informace příslušné místní úřady.
Instalace tepelných čerpadel voda-voda jsou spíše průmyslové instalace, kde jak zdroj vody slouží například okruh chladící průmyslové vody, která je ochlazována a teplo předané z procesu výroby je rekuperováno a následně použito pro vytápění, ohřevy teplé vody atd. Pro instalace tepelných čerpadel voda-voda jsou používány klasická tepelná čerpadla země-voda s přiřazeným výměníkem tepla.